A、基因突变是指DNA中碱基对的增添、缺失或替换,所以②处碱基的缺失将导致基因突变,A正确;
B、限制酶作用于磷酸二酯键,即①部位,而解旋酶作用于氢键,即③部位,B正确;
C、任何双链DNA分子都含有A、C、G、T四种碱基,且(A+G):(T+C)的比例均为1,而DNA的特异性表现在(A+T):(G+C)的比例上,C错误;
D、把此DNA放在含15N的培养液中复制两代得到4个DNA分子,根据DNA的半保留复制,其中有1个DNA分子的一条链含有14N,另一条链含有15N,其他3个DNA分子只含15N,所以子二代中含15N的DNA占100%,含14N的占25%,D正确.
故选:C.