A、在研究生物进化的过程中,化石是最重要的、比较全面的证据;此外还有比较解剖学上的证据、胚胎学上的证据,A错误;
B、化石是保存在地层中的古代生物的遗体、遗物或生活痕迹.研究发现,不同的地层中埋藏着不同类型的生物化石:越是古老的地层中发掘的生物化石结构越简单、低等,水生生物的化石越多;越是晚期的地层中发掘的生物化石结构越复杂、高等,陆生生物化石越多.这说明生物进化的趋势是:从简单到复杂,由低等到高等,从水生到陆生.所以化石记录显示,在越晚形成的地层里形成化石的生物越复杂、高等,陆生的越多,但是也有简单的、低等的、水生生物,B错误.
C、始祖鸟既具有鸟类的特点前肢特化为翼,有具有爬行动物的特点,翼的末端有爪,因此始祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来的等,C正确;
D、化石在地层中出现的先后顺序,说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的,不是遵循从无到有,从小到大的规律,D错误;
故选:C.